적에게 들키지 않게 잡입하는 극한의 긴장감――. 전투를 피해 숨으면서 임무를 달성해가는 "stealth action"의 금자탑, "Metal Gear" 시리즈 본 작품은 METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater로부터 10년 후가 무대. 동서 냉전의 소용돌이 치는 음모 속에서 Snake는 민간 군대를 이끌고 적과 맞서 싸웁니다. 이것은 한 사람의 군인이었던 Snake가 Big Boss로 되는 이야기. 【STORY】 환상의 평화가 삐걱거릴때 1964년, 미소에 의한 전면 핵전쟁의 위기로부터 세계를 구한 Naked Snake는 진정한 영웅으로서 Big Boss의 칭호를 받았다. 그러나, 그 수여식을 끝으로 스네이크는 자취를 감췄다. 그로부터 10년 후. 남미·콜롬비아에서 독자적인 군대를 조직하…