
〈커크 박사 탈환 작전〉으로부터 1년. “완전한 클린 에너지”와 “궁극의 병기”... 2개의 성질을 지닌 서드 에너지. 그 개발 프로젝트는 개발자인 커크 박사의 손에서 벗어나 정부 관리 하에 진행되게 되었다. 그리고 또 다시, “사고”가 일어나는데.... 이전보다 훨씬 큰 규모의 서드 에너지로의 폭주로 인해, 연구 개발 도시 “에드워드 시티”가 완전히 소멸되고 정부는 연구 성과와 직원 보호를 위한 구출 작전을 발동하게 된다. 아직 완벽하지 못한 “시공 전이(타임 게이트)”장치를 개발해, 이를 통해 에드워드 시티가 전이된 것으로 예상되는 시대에 군부대의 파견이 결정된다. 그 임무가 어떠한 결과를 초래할지 미리 상상한 자는 없었다. 단 한 명, 레지나를 제외하고... 지난 작품의 주인공인 「레지나」는 그대로, …